怎么用bioedit在基因组序列中找出已知序列的序列相似最近在做实验,需要用到生物信息学软件,但不知怎么用,望高手指教..具体是对实验室中的一种菌进行了基因组测序,得到很多Contig,现有另

来源：学生作业帮助网 编辑：作业帮 时间：2024/11/06 09:52:43
怎么用bioedit在基因组序列中找出已知序列的序列相似最近在做实验,需要用到生物信息学软件,但不知怎么用,望高手指教..具体是对实验室中的一种菌进行了基因组测序,得到很多Contig,现有另
xT[oG+R>e-8/}/T̶Y`ח8 jԘmtfvy_ٝ vP5R_";sws9/n jFT#cFz?ǝKZyclӪzoZۣ]'vJZ/ǯJ1l5mkn.._˦m^ ~jƯhHKǑlѣ+reu ?䭳mRG5{"sHN:9gҚmjHNI4CW,](NoD=z$!3{ Wljе:?Js;-PN#7 };AƛNR>N !Hy;(IsԆ@syT[[wt:Q}vz{TQ\&<#^SrFS%4$RԔ̸~z]d=.!?:9+3c-=AN9a&=<z aXkd~_SNRiu]|Urd;=DP1>]Ry&|)_nQJjZ@`KdF8'f~LK>?4rBzvFǂ!QFA)B8|0Wg@)"b>ش4=#E gAB@E .% e1ģH$ I@. ;]ҫUСn /6~Ʀ%,Jyc-.x 4Оkcsx?+. ɠs-ɋ?}q@D:_h 㕟vP[Cl1!3ZU-Lu8_%eOE%"ۀ9S(&U-;^/ ,L>08V*oҫ} 9:L`tJ0}ĝox/\

怎么用bioedit在基因组序列中找出已知序列的序列相似最近在做实验,需要用到生物信息学软件,但不知怎么用,望高手指教..具体是对实验室中的一种菌进行了基因组测序,得到很多Contig,现有另
怎么用bioedit在基因组序列中找出已知序列的序列相似
最近在做实验,需要用到生物信息学软件,但不知怎么用,望高手指教..具体是对实验室中的一种菌进行了基因组测序,得到很多Contig,现有另一种菌的一个基因序列,怎么利用bioedit软件在基因组序列中找出与这个基因序列相似性较高的Contig,不胜感激!

怎么用bioedit在基因组序列中找出已知序列的序列相似最近在做实验,需要用到生物信息学软件,但不知怎么用,望高手指教..具体是对实验室中的一种菌进行了基因组测序,得到很多Contig,现有另
Bioedit提供了本地blast工具（菜单里的local blast 功能）,如图一.
你需要把基因组数据做成本地数据库,使用菜单里的create a local nucleotide database file功能建立本地DNA数据库,建库的原始数据需要做成fasta格式的,建成的数据库存放在...\bioedit\database文件夹里.
然后用另一种菌的基因序列和基因组本地数据库做blastn或者tblastx（图二）,就能找到与这个基因序列相似性较高的contig了.

我的bioedit版本较低,估计也能参考吧.
也可以直接从NCBI下载本地blast相关程序,使用dos命令行操作.

1. 用已有的contig序列制作一个数据库。
2. 用新的序列作为query, 数据库选择刚刚建好的那个，设置blastn参数(就是定义相似性）
通常看e-value，越小越好，然后看hits的长度。如果相似性很高，但覆盖率比较小，也不是你希望的结果。

怎么用bioedit在基因组序列中找出已知序列的序列相似最近在做实验,需要用到生物信息学软件,但不知怎么用,望高手指教..具体是对实验室中的一种菌进行了基因组测序,得到很多Contig,现有另 bioedit如何使用请问如何使用bioedit软件啊?什么都不会用.怎么把序列放进去分析啊? 怎么利用bioedit做序列的比较 基因组内查找非编码保守序列在基因组范围内查找出所有的非编码保守序列,比如白菜基因组,如何实现呢? 用bioedit怎么 预测蛋白质二级结构 怎么用NCBI查不同细菌基因组中有没有某一序列求解答 已用本地blast找出基因序列,怎么确定它是全长的呢? 已完成的全基因组序列测定的生物 你好,请问怎么在NCBI下载全基因组序列?或者有别的地方可以下载?我主要是想下载真菌基因组序列 在NCBI上怎么查找某一基因在不同种属中已公布的同源序列 fold-coverage 在基因组序列的测序和拼接相应内容中. 请问烟草的全基因组序列是不是都知道了,应该怎么查具体一个基因的序列呢?植物中有哪些物种的全基因组序列已经测出来了？ 设计成熟肽的cDNA序列的引物知道了基因库中登录的一段cDNA序列之后,怎么在这一段中找出编码成熟肽的序列来呢?谢谢! 请问怎么查一个生物的基因组的全序列 如何从基因组的DNA序列中去鉴别基因 bioedit 无法转换aln 格式怎么用bioedit转换aln文件呢?我每次打开,都说是unknown file format .请有经验的同胞们指导 请问southern杂交时基因组DNA的序列过长,如何才能找出合适的酶切位点呢? 在人类基因组计划的执行中,为什么要以微生物为主体的模式生物的全基因组序列测定?