二代测序技术为什么可以分析表达谱变化

来源：学生作业帮助网 编辑：作业帮 时间：2024/07/08 07:16:39
二代测序技术为什么可以分析表达谱变化
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二代测序技术为什么可以分析表达谱变化
二代测序技术为什么可以分析表达谱变化

二代测序技术为什么可以分析表达谱变化
表达谱的变化的主要研究方法有3种
Q-PCR   基于内参基因的表达 来定量你关注的基因的表达量（通过荧光信号强度判别）
芯片    分为2种,第一种基于基因3‘UTR  进行杂交  通过信号判别基因的表达量,第二种在基因的所有区域都设计探针,基于杂交 判别基因表达量（这种更准确,因为基于3’UTR可能因为3‘UTR区域的缺失造成基因表达量计算降低.
二代测序  其实二代测序和芯片第二种差不多,因为二代测序会测到很多reads,基于mapping到基因上的reads数目,来计算该基因的表达量,也就说基因表达量越高,那么在该基因上的reads数目也就越多,由于测序的样本间的数据量可能不一样且基因的长短也不一样（越长测到的reads数目应该更多）,一般引入一个概念FPKM- Fragments Per Kilobase of transcript per Million fragments mapped,即将基因长度均一化到1000bp将测序reads数目均一化到1M个.
从原理上可以看出两种方法：1,基于内参基因的表达量,来判别关注基因的表达量   2.基于多杂交数目或测序read均一化计算关注基因的表达量. 
在最近的nature biotech上发现两种分析方法分析结果是一致的,且芯片和二代测序结果也是一致的.
这就是二代测序分析基因表达谱的原理,还有其可靠性的相关介绍.

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